菏泽高新区地处菏泽市区西部，辖万福办事处、吕陵镇、马岭岗镇，面积236平方公里、人口24.8万。2008年1月被省政府列为省级高新技术产业开发区，2013年10月理顺管理体制，是国家火炬生物医药特色产业基地、国家生物医药大健康创新型产业集群试点、国家级知识产权集群化管理试点区、国家海智工作基地、山东省第一批生物高技术产业基地、省级可持续发展试验区、省级小微企业创业创新示范基地、山东省创新药物（菏泽）孵化基地、省级战略性新兴产业（生物医药）示范基地、省级食品生产加工示范基地等。2017年，全区实现地区生产总值121.8亿元，增长9.5%；完成公共财政预算收入12.1亿元，增长5.9%；规模以上工业企业实现主营业务收入427.5亿元，增长11.7%；实现利润69亿元，增长8%；完成固定资产投资53.5亿元，增长16.3%。  
　　高新区主要形成了生物医药和新材料两大主导产业。生物医药产业加快聚集。主要聚集了菏泽首家A股上市企业，居全国医药工业百强第6位、中医药企业第1位的步长制药，华信制药、华润医药、海王医药、绿谷医药及产业链上下游关联企业50余家，涉及中药、化学药、医疗器械、医药物流等10大门类、千余品种，初步建成了集研发、生产、销售、物流等为一体的医药产业聚集区，生物医药产业产值占全市的一半以上。新材料产业异军突起。突出轻量化、智能化、高性能化，重点发展石墨烯、高精压延铜箔、镁合金轻质材料、高铁航空装备制造等产业，着力打造国内知名的新材料及交通装备制造特色产业基地。主要聚集了恒力石墨烯、天和铜箔、华盛荣镁合金、德通高铁新材料、泊鹭飞机等企业20余家，承担国家和行业标准制定12项，安固强石墨烯实现单层石墨烯稳定生产，产量品质国内领先，天能石墨烯有机光伏发电项目正式投产，是国内首条全自动工业化量产生产线。安泰服饰、青岛啤酒、大树生物、范府食品、米老头食品等传统特色产业转型升级，新产品不断投放市场，全区形成了多层次、多元化、互补式产业发展格局。